Większość żółwi lądowych i wiele wodnych hibernuje od listopada do marca. W przypadku całorocznego trzymania w pomieszczeniach zamkniętych nie jest to absolutnie konieczne dla zwierząt, ale odpowiada ich naturalnym nawykom i pomaga wzmocnić układ odpornościowy. Z hibernacji wykluczone są zwierzęta chore, dlatego żółwie powinny wcześniej przejść kontrolę zdrowia u weterynarza.

Kąpiel w ciepłej wodzie pobudza defekację i służy przygotowaniu żółwia do hibernacji. Jeśli żółw nie uspokoi się z własnej woli, należy stopniowo zmniejszać długość światła dziennego do 1-2 godzin w okresie ok. 2-3 tygodni. Jednocześnie należy odpowiednio obniżyć temperaturę otoczenia (zwłaszcza w nocy).

Na czas właściwej hibernacji należy zapewnić żółwiowi odpowiedni plastikowy pojemnik z lekko wilgotnym podłożem. Odpowiednie podłoża obejmują humus z włókna kokosowego lub mech sphagnum. Żółwie wodne otrzymują zbiornik wypełniony do wysokości brzucha (1-2 cm wysokości). Zwierzęta są "przechowywane" albo w piwnicy, albo w lodówce. Optymalną temperaturę otoczenia 4-5°C można sprawdzić za pomocą zdalnego termometru. Ważna jest odpowiednia wentylacja, także skrzyni.

Kiedy budzą się na wiosnę, w ciągu 5-7 dni następuje stopniowy wzrost temperatury i powoli rozpoczyna się ponowne karmienie.